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Ayato Kamina, 17 ans, est lycéen à Tokyo où travaille sa mère. Sa vie, en apparence banale, va basculer le jour où il fera la connaissance de la mystérieuse Reika Mishima. Cette dernière le guidera jusqu'à Xephon, un mecha gigantesque, auquel Ayato a toujours été lié sans le savoir. Peu après, l'adolescent découvrira que le sang de sa mère est bleu et que le monde dans lequel il vivait, baptisé Tokyo Jupiter, n'était qu'une enclave isolée du reste du monde et contrôlée par les Mulien, des ennemis de l'Humanité. Choqué, Ayato va alors se replier sur lui-même avant de chercher à trouver sa place dans ce monde, coincé entre des militaires humains qui veulent l'utiliser et des Muliens qui le convoitent.